• Huân chương Dannebrog hạng nhất của Đan Mạch
• Huân chương Royal Victorian Order hạng 3 (Commander) của Anh Quốc
• Huân chương Imperial Order of the Rose của Brasil
• Warming là Viện sĩ thông tấn (ngành thực vật) Viện Hàn lâm Khoa học Pháp[4]
• Viện sĩ Viện Khoa học Hoàng gia Đan Mạch (từ 1878)
• Chủ tịch Hiệp hội Quốc tế các nhà thực vật học (Asociation internationale des botanistes) (1913)
• Hội viên danh dự của Viện Hàn lâm Hoàng gia London
• Hội viên danh dự của Hội thực vật Đan Mạch
• Tên Warming được dùng đặt cho cây hoa lan Warmingia Rchb.f. và hàng tá loài cây khác

IPNI được đặt theo tên ông ta để vinh danh. Cũng có một vùng đất mang tên Warming Land ở cực bắc Greenland. Ngoài ra Đại học Federal de Minas Gerais đã tổ chức một loạt giáo trình Eugen Warming sề sinh thái học tiến hóa từ năm 1994